Tal y como comentamos en otro post, se puede pasar la validación w3c a traves de la propia página de servicio de validación de w3c, donde tienes que ir pagina a pagina validando la w3c.
Tambien puedes validar las hojas de estilo css por separado desde la validacion css de w3c.
Pero si necesitas validar todo un sitio web, lo mejor es utilizar Multipage Validator, para validar todas las paginas de tu web.
Recordar, que tener una web que pase la w3c, mejora el posicionamiento google (SEO) de la pagina.