para vaciar un fichero en linux, o dejar el fichero en 0 Kb hay 2 opciones.
Una es borrarlo y crearlo de nuevo, pero tenemos que tener cuidado, ya que no mantendremos permisos, etc.
O la opción que a mi mas me gusta, que es la siguiente
>cp /dev/null /fichero-destino
De esta forma, vaciaremos el fichero sin modificar ningún otro valor.