Muchas veces utilizamos varios APIs de Javascript, y estos entran en conflicto. En este caso, JQuery y Prototype no se llevan muy bien.
Para solucionar el problema, debemos introducir los codigos de jQuery que nos dan problemas bajo el siguiente codigo:
jQuery.noConflict();
(function($) {
$(function() {
// more code using $ as alias to jQuery
});
})(jQuery);
De esta forma solucionamos el problema, siempre y cuando los conflictos no sean muchos ... poruqe si no, nos podemos volver locos.
Mas información sobre problemas en jQuery y Prototype.